Tahun 2006, dan lorong-lorong Sekolah Menengah Jujutsu Prefektur Tokyo bergema dengan pertengkaran tak berujung dan debat sengit antara dua sahabat karib yang tak terpisahkan. Memancarkan kepercayaan diri yang tak tergoyahkan, Satoru Gojou dan Suguru Getou percaya tidak ada tantangan yang terlalu berat bagi penyihir Kelas Khusus muda dan kuat seperti mereka. Mereka ditugaskan untuk mengantarkan seorang gadis bijaksana bernama Riko Amanai dengan selamat kepada entitas yang keberadaannya merupakan inti dari dunia jujutsu. Namun, misi tersebut menjerumuskan mereka ke dalam pusaran konflik moral yang melelahkan yang mengancam akan menghancurkan persahabatan yang sudah rapuh antara penyihir dan manusia biasa.
Dua belas tahun kemudian, para siswa dan penyihir menjadi garda terdepan melawan meningkatnya jumlah kutukan tingkat tinggi yang lahir dari emosi negatif manusia. Seiring kekuatan entitas-entitas tersebut tumbuh, kesadaran diri dan ambisi mereka pun meningkat. Kutukan-kutukan itu bersatu untuk tujuan bersama, yaitu membasmi manusia dan menciptakan dunia yang hanya dihuni oleh pengguna energi terkutuk, dipimpin oleh roh terkutuk kuno yang berbahaya. Untuk menyingkirkan rintangan terbesar mereka penyihir terkuat, Gojou mereka mengatur serangan di Stasiun Shibuya pada hari Halloween. Terbagi menjadi beberapa tim, para penyihir memasuki pertempuran dengan siap mempertaruhkan segalanya demi melindungi orang-orang tak berdosa dan kaum mereka sendiri.
